Devítiletá Elisabeth se na letní prázdniny vrací ke své rodině žijící ve výzkumné stanici uprostřed amazonského deštného pralesa, její tatínek zde totiž pracuje jako kartograf a odborník na džungli. Brzy po jejím příjezdu tatínek spadne ze žebříku, potřebuje ošetřit a maminka jej tedy musí odvézt do nemocnice. Elisabeth se nabídne, že se mezitím postará o svého malého a hodně neposedného bratříčka Lea. Jenže to ji moc nebaví a místo hlídání má raději nos zabořený do knížky. Když se za chvíli konečně rozhlédne, zjistí, že se Leo zatoulal do džungle. Musí ho najít a přivést domů dříve, než se rodiče vrátí. Tak začíná její dobrodružná cesta tajemnou a neznámou džunglí. Během ní dokáže překonat svůj strach, najít bratříčka a poznat nového kamaráda. Děti společně zvládnou přechytračit trojici nebezpečných pytláků, kteří v deštném pralese chytají vzácné druhy zvířat. Dostanou se až na mystickou Ďáblovu horu, kde jim v boji s pytláky pomůžou členové tajemného kmene, a také jejich nový zvířecí parťák Chlupáč, který patří k dosud neobjevenému druhu obyvatel džungle. Animovaná dobrodružná komedie Tajemství džungle vznikla ve spolupráci českých, lotyšských a polských tvůrců, českou stranu zastupovala produkční společnost Hausboot Production, v níž vznikl i populární animovaný film Myši patří do nebe. Významnou část české výroby filmu zajistilo zlínské studio Kouzelná animace.

Divoká Jo a intelektuálka Raisa jsou každá z jiného těsta, přesto mezi nimi vznikne přátelství s velkým „P“. Jako nejlepší kámošky přežijí nástrahy základní a střední školy. Na jejím konci se ale objeví první velká výzva. Raisa má opustit rodné město, aby pokračovala ve studiích na univerzitě, Jo čeká hledání práce. Jejich poslední společný večer není vůbec lehký, jako by si uvědomovaly, že rozdělené životní cesty se už nikdy nemusí spojit. Jenže pak se před nimi otevře tajemný portál, který vede na mýty opředený ostrov Nakali. O něm a jeho tajemných obyvatelích jim kdysi vyprávěla babička a obě holky tam plánovaly vyrazit, než je dospívání připravilo o velkou část fantazie a snění. I proto se obě zdráhají udělat krok do neznáma, tedy do portálu, ten je však nemilosrdně pohltí. Jo a Raisa se rázem ocitnou ve světě, který funguje podle vlastních, jim naprosto nesrozumitelných pravidel. Obývají ho podivuhodné bytosti, u nichž je těžké aspoň zpočátku odhadnout, zda jim budou chtít pomáhat či ubližovat. Poměrně brzy dívky zjistí, že největším nepřítelem je samotný ostrov, protože se živí jejich vzpomínkami. Dokážou z něj uniknout dřív, než zapomenou? Na svůj dosavadní život, na své kamarádství? Téma přátelství nerezonuje silně pouze v příběhu, ale bylo klíčové i pro samotný tvůrčí proces. Joel Crawford a Januel Mercado, kteří společně natočili film Kung Fu Panda 2, se shodli, že k výsledku zásadně přispělo jejich kamarádství. „Máme rádi stejné filmy, smějeme se stejným věcem, tohle napojení na stejnou vlnu dalo vzniknout výjimečným momentům, které by ve filmu jinak nebyly“, říká režisér Crawford.